Κατά κοινή ομολογία ο Ευγένιος Μιχαηλίδης έχει καθιερωθεί ως μια από τις πλέον σημαίνουσες προσωπικότητες της αιγυπτιώτικης λογιοσύνης. Τον διέκρινε μια αξιοθαύμαστη ιστορική συνείδηση που τον ώθησε να διασώσει τη συνολική διανοητική, καλλιτεχνική, οικονομική, εκκλησιαστική και κοινωνική ζωή της παροικίας, όπως αυτή καταγράφηκε στον κάθε μορφής έντυπο λόγο. Χωρίς υπερβολή έγινε ο θησαυροφύλακας της προσφοράς αιγυπτιώτη ελληνισμού.
Αντί να σκιαγραφήσουμε, όμως, την βιογραφία του ας αφήσουμε τον ίδιο να μιλήσει με τον δικό του τρόπο για τον εαυτό του: «Εγεννήθην εις τα Ιεροσόλυμα, τη 2α Νοεμβρίου 1885. Ο πατήρ μου ωνομάζετο Μιχαήλ και ήτο διδάσκαλος των ελληνο-αραβικών εις τα Ελληνικά Σχολεία του Παναγίου Τάφου επί σαράντα περίπου έτη.
Διήκουσα τα πρώτα μαθήματά μου εις τα εν λόγω Ελληνικά Σχολεία του Π. Τάφου και συνεπλήρωσα αυτά εις την περίπτυστον Θεολογικήν Σχολήν του Σταυρού Ιεροσολύμων (1902-1909), εκ της οποίας απεφοίτησα με Πτυχίον Διδασκάλου (Φιλολογικών, Φιλοσοφικών και Θεολογικών μαθημάτων της 21η Ιουνίου 1909). Ακολούθως ενεγράφην εις το Αραβικόν Ανατολικόν Πανεπιστήμιον Ζάχλε (Λιβάνου), επί διετίαν (1909-1911). Εκ τούτου απεφοίτησα με πτυχίον διακριτικής επιδόσεως του Δρος εις την Αραβικήν γλώσσαν και φιλολογίαν, τη 15η Ιουνίου 1911».
Στο σχεδόν τριών σελίδων αυτοβιογραφικό σημείωμα καταγράφει αναλυτικά την πλούσια υπηρεσία του στα ελληνικά εκπαιδευτήρια της Αλεξάνδρειας από το 1921 μέχρι το 1971, αναφέροντας ονομαστικά το Λύκειο Γκίκα, το Αβερώφειο Γυμνάσιο, την Σαλβάγειο Εμπορική Σχολή, το Ανώτερο Παρθεναγωγείο, την Πατριαρχική Σχολή Φώτιος Α΄ και την νυκτερινή σωματειακή Σχολή (Αρίονος). Από το 1960 μέχρι το 1971, οπότε συνέταξε την αυτοβιογραφία του, ίδρυσε και διηύθυνε το Κέντρο Ελληνικών Σπουδών, όπου δίδασκε την ελληνική γλώσσα σε Αιγύπτιους και για τις ανάγκες της διδασκαλίας έγραψε τα γλωσσικά εγχειρίδια. Στα Δελτία που εξέδιδε το Κέντρο βρίσκουμε, ανάμεσα σε άλλα, και τις πρώτες μεταφράσεις στα αραβικά ποιημάτων του Καβάφη από τον Άλυ Νουρ. Στη συνέχεια ο Μιχαηλίδης αναφέρεται στη θητεία του στη δημοσιογραφία από το 1911 μέχρι το 1971, επισημ
αίνοντας, ανάμεσα σε άλλα, τη θέση του Διευθυντή και Αρχισυντάκτη του πατριαρχικού περιοδικού «Εκκλησιαστικός Φάρος» και του αραβόφωνου πατριαρχικού εντύπου «Ο Καλός Ποιμήν», τη συνεργασία του στις εγκυκλοπαίδειες «Πυρσός» και «Πάπυρος-Λαρούς» σε λήμματα σχετικά με αραβικά θέματα, την πυκνή αρθρογραφία του στα περισσότερα έντυπα της παροικίας, καθώς και την τακτική συνεργασία του στο περιοδικό του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων «Νέα Σιών». Τέλος, αφού παραθέσει τις πολλές τιμητικές διακρίσεις που έλαβε κατά καιρούς, συμπληρώνει: «Τα δημοσιεύματά μου καθόλου πλησιάζουν τον αριθμόν 1.200 (από του 1909-τέλους Απριλίου 1971)».
Θα ήταν μάταια η προσπάθεια να καταγράψουμε σ’ αυτό το σύντομο άρθρο το σύνολο των αυτοτελών εκδόσεών του, πολύ δε περισσ
ότερο να συμπεριλάβουμε τον κατάλογο των άρθρων του σε περιοδικά ή εφημερίδες. Ωστόσο, για έναν πιο απαιτητικό αναγνώστη, αξίζει να αναφέρουμε ενδεικτικά κάποιους τίτλους βιβλίων του που δείχνουν την πολυμάθεια και το εύρος των ενδιαφερόντων του:
«Ο μεταρρυθμιστής Άλυ Αβντ-Αλ-Ράζεκ και το έργον του περί του Χαλιφάτου», 1926
«Ο αιγυπτιώτης ελληνισμός και το μέλλον του», 1927
«Το πρόσωπον του Ιησού κατά το Κοράνιον», 1930
«Οι Κόπται (ονομασία-ιστορία-εκκλησία-διδασκαλία-γλώσσα-φιλολογία-τέχνη-χαρακτηρισμός)», 1937
«Η Μονή του Αγίου Σάββα Αλεξανδρείας διά μέσου των αιώνων (320-1949)», 1950
«Τα θεμέλια του Ισλάμ», 1954
«Εικονογραφημένον λεύκωμα ιεράς Μονής αγίου Γεωργίου εν Παλαιώ Καΐρω», 1959
«Η πνευματική προσφορά του αιγυπτιώτου ελληνισμού εις την σύγχρονον Αίγυπτον (1853-1963), 1963
«Βιβλιογραφία των αιγυπτιωτών Ελλήνων (1853-1966), 1966
«Πανόραμα ήτοι εικονογραφημένη ιστορία του δημοσιογραφικού τύπου της Αιγύπτου υπό αιγυπτιωτών Ελλήνων (1862-1972), 1972
Τα δύο τελευταία έργα του, παρά τις βιβλιογραφικές ελλείψεις ή τις τυχόν παραδρομές, εξακολουθούν μέχρι σήμερα να αποτελούν το πιο χρήσιμο εργαλείο για κάθε ερευνητή και μελετητή της ιστορικής πορείας του αιγυπτιώτη ελληνισμού. Σχετικά με την Βιβλιογραφία ο Μανώλης Γιαλουράκης σημειώνει: «είναι μοναδικό (βιβλίο) στο είδος του και θ’ αποτελέσει την αφετηρία για όποιον μελλοντικά θελήσει ν’ ασχοληθεί με το ίδιο θέμα». Την «πολύχρονη, συστηματικήν αλτρουιστική δράση του ερευνητή, καθηγητή Ευγένιου Μιχαηλίδη για τα ελληνικά βιβλία, εφημερίδες, περιοδικά, ημερολόγια και διάφορα άλλα έντυπα που εφάνηκαν στην Αίγυπτο», επαινεί ο ποιητής και λόγιος Κ. Ν. Κωνσταντινίδης. Λίγα χρόνια πριν τον θάνατό του ο Μιχαηλίδης προσέφερε την ταξινομημένη από τον ίδιο πλούσια συλλογή του στο Γενικό Προξενείο Αλεξάνδρειας, σε αίθουσα του οποίου στεγάζεται το επονομαζόμενο «Πνευματικό Μουσείο του αιγυπτιώτη ελληνισμού». Έχουμε τη γνώμη ότι οφείλουμε να φροντίσουμε αυτή την αρχειακή βιβλιοθήκη με την σωστή συντήρηση των εντύπων και την ψηφιοποίησή τους ώστε να έχει εύκολη πρόσβαση ο ερευνητής, ο απλός επισκέπτης και αναγνώστης, όσο και οι μαθητές των κοινοτικών εκπαιδευτηρίων.
Ο Μιχαηλίδης με μια διορατική και πρωτοπόρα για την εποχή του αντίληψη αναλαμβάνει την πρωτοβουλία να συντάξει και να υποβάλει στα 1933 ένα πολυσέλιδο εμπεριστατωμένο «Υπόμνημα προς τας συγκλήτους Αθηνών και Θεσσαλονίκης περί ιδρύσεως εν αυταίς έδρας αραβικής γλώσσης και φιλολογίας». Εκείνη την εποχή στις Φιλοσοφικές Σχολές των δύο Πανεπιστημίων δημιουργούνταν τα ξενόγλωσσα τμήματα αγγλικής και γαλλικής φιλολογίας. Αντιλαμβάνεται με ακονισμένη συνείδηση ότι η απουσία μιας συστηματικής, σε πανεπιστημιακό επίπεδο, έρευνας και σοβαρής μελέτης του αραβικού πολιτισμού στερεί την νεοελληνική κοινωνία από μια δικής της οπτικής προσέγγιση, ανταπόκριση, γνώση και ερμηνεία του αναδυόμενου αραβικού κόσμου, μιας περιοχής με την οποία ο ελληνισμός γειτονεύει, συναλλάσσεται και ανταλλάσσει αγαθά και ιδέες για πολλούς αιώνες, ενώ στο έδαφός της αναπτύσσεται αξιόλογος αριθμός παροικιών. Δυστυχώς, οι χρόνιες δομικές παθογένειες του νεοελληνικού κράτους δεν επέτρεψαν στην πρόταση και προσδοκία του Μιχαηλίδη να υλοποιηθεί ούτε στις μέρες του, όσο και σήμερα, ογδόντα χρόνια μετά το εγχείρημά του. Το ίδιο ατυχής, όμως, υπήρξε και η συμπληρωματική πρόταση του Τάχα Χουσεΐν για τη δημιουργία τμήματος νεοελληνικών σπουδών σε κάποιο από τα αιγυπτιακά πανεπιστήμια, παρά το γεγονός ότι το ζήτημα επανήλθε συχνά στην επικαιρότητα από την μακρινή εποχή της δεκαετίας του ’30 μέχρι τις μέρες μας τόσο από πρωτοβουλίες συλλογικοτήτων, όσο και από σημαίνουσες προσωπικότητες.