Μετά την αραβική κατάκτηση του 642, οπότε οι Άραβες συνθηκολόγησαν με τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας, η ιστορία του Ελληνισμού στην Αίγυπτο είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με το Πατριαρχείο, το οποίο, βάσει προνομίων κατοχυρωμένων με φιρμάνια του κατακτητή, είχε αναλάβει το ρόλο της υπεράσπισης των Ελλήνων κατοίκων της Νειλοχώρας. Στους αιώνες που ακολούθησαν ο άλλοτε περίλαμπρος Θρόνος του Αγίου Μάρκου βρέθηκε συχνά σε κατάσταση έσχατης ένδειας υλικών και ανθρωπίνων πόρων, ποιμαίνοντας ένα διαρκώς μειούμενο πληθυσμιακά, αλλά και πενόμενο σώμα πιστών. Χαρακτηριστικά είναι τα όσα διεκτραγωδεί ο Εθνεγέρτης Πατριάρχης Θεόφιλος Β΄ στο συγχαρητήριο γράμμα που έστειλε στον Μοχάμετ Άλι στην αρχή της σατραπείας του (1805): “Οι χριστιανοί μου, οι ραγιά φουκαράδες, είναι πολλά ολίγοι, μόλις ευγαίνουν 200 οσπίτια, και αυτοί προσμένουν από εμέ βοήθειαν.”
Αν και το Πατριαρχείο στερούνταν μέσων υλικής συνδρομής, προσήλθε από άποψη εθνική και θρησκευτική αρωγός στην Επανάσταση του 1821 με πρωτοστάτη τον Πατριάρχη Θεόφιλο, ο οποίος, με τα λόγια, τις πράξεις και την αυτοθυσία του, αναδείχθηκε σ’ έναν εκ των μοχλών της Εθνεγερσίας, μαζί με τον Πατριάρχη Κων/λεως Γρηγόριο Ε΄ και τον Παλαιών Πατρών Γερμανό. Οι Πατριαρχικοί Κώδικες φανερώνουν άνθρωπο ανήσυχο και ταξιδιώτη ακάμαντο, με βαθιά πίστη ότι έφθανε το πλήρωμα του χρόνου για την αποτίναξη του ζυγού της δουλείας. Μάλιστα ο Αλέξανδρος Υψηλάντης αποκαλούσε τον Θεόφιλο κλέος των Πατριαρχών, δόξα του Γένους και στήριγμα της Ελλάδας. Τα πρώτα δείγματα της εθνικής του δράσης ανιχνεύονται ήδη πριν από την ανάρρηση του στον Πατριαρχικό Θρόνο, όταν, επί γαλλικής κατοχής, ως Επίτροπος του Πατριάρχη Παρθενίου Β΄, υπερασπίστηκε σθεναρά το ποίμνιο του κι έπεισε το Ναπολέοντα να μη φορολογήσει τους Έλληνες και να ακυρώσει τη σχεδιαζόμενη κατεδάφιση της Μονής του Αγίου Σάββα.
Στη γενέτειρα του Πάτμο μυείται στη Φιλική Εταιρεία και αφιερώνεται στον ιερό σκοπό ως ανώτερος βαθμούχος της, μη διστάζοντας να ζωστεί με φυσιγγιοθήκη και σπαθί, όταν οι περιστάσεις το επέβαλλαν. Χωρίς να παραιτηθεί ή να αναφέρει τίποτα για τα σχέδια του, αναχωρεί ανεπιστρεπτί από την Αλεξάνδρεια για την Πάτμο τον Αύγουστο του 1818. Με τη βοήθεια των Κων/νου Τοσίτσα και Αθανασίου Καζούλη πετυχαίνει την επίσημη αναγνώριση από τον Μοχάμετ Άλι του Αρχιμανδρίτη Νεκταρίου, κληρικού έμπιστου και μυημένου στη Φιλική Εταιρεία, ως Βεκίλη (αντιπροσώπου) κατά την απουσία του. Με τις συστάσεις του Πατριάρχη Θεόφιλου και τη συνδρομή του Αρχιμανδρίτη Νεκταρίου, άρχισε το 1820 από απεσταλμένους της Φιλικής Εταιρείας με μυστικότητα η κατήχηση και στρατολόγηση των Ελλήνων του Καίρου, στα Παλαιά Πατριαρχεία του Αγίου Μάρκου της Συνοικίας των Ρωμαίων, και των Ελλήνων της Αλεξάνδρειας, στη Μονή του Αγίου Σάββα, της οποίας ο ηγούμενος ήταν επίσης μυημένος. Την ίδια στιγμή τα ραγιάδικα καίκια μετέφεραν, κάτω από τη μύτη των Αιγυπτίων, πολεμοφόδια μαζί με τα εμπορεύματα.
Η κήρυξη της Επανάστασης έγινε γνωστή στην Αλεξάνδρεια την 31η Μαρτίου 1821 από Μωραίτη καραβοκύρη, ο οποίος έφθασε με φορτίο για λογαριασμό των Αδελφών Τοσίτσα από τη Μεθώνη. Στο σπίτι των Τοσίτσα, στην οδό Γαλλίας 37, μαζεύτηκαν την 4η Απριλίου οι Φιλικοί της Αλεξάνδρειας για να συσκεφθούν με ποιό τρόπο να βοηθήσουν τους επαναστατημένους. Το παρόν έδωσε και ο Πατριαρχικός Επίτροπος, ευλογώντας τον Αγώνα, ενώ μυστικά μηνύματα εστάλησαν στους Έλληνες Ραχιτίου, Δαμιέττας και Καίρου. Έλληνες πρόκριτοι συγκέντρωσαν 14.000 τάλληρα υπέρ των Επαναστατών και Έλληνες στρατιώτες αποσκίρτησαν από τον στρατό του Μοχάμετ Άλι και προσέτρεξαν προς βοήθεια στο Μωριά. Υπό την πίεση του Μοχάμετ Άλι, ο Αρχιμανδρίτης Νεκτάριος αναγκάζεται να εκδώσει εγκυκλίους, αποτρεπτικές δράσεων φιλικών προς την Επανάσταση, χλιαρού όμως χαρακτήρα.
Την ίδια ώρα ο Πατριάρχης Θεόφιλος ευλογεί την Επανάσταση στην Πάτμο και με πατρικές υποθήκες και παραινέσεις εμψυχώνει δι’ επιστολών τους Επαναστάτες σε διάφορα σημεία της Ελλάδας. Καλείται να λάβει μέρος στις εργασίες της Α΄ Εθνοσυνέλευσης και, παρά το γεγονός ότι υπέφερε από ποδάγρα, δεν διστάζει να επιβιβαστεί επανειλημμένα σε πλοία του ελληνικού στόλου, εμψυχώνοντας τους ναύτες, ξορκίζοντας τις αναφυόμενες έριδες και συστήνοντας ομόνοια μεταξύ των ηγετών του Αγώνα. Παράλληλα δεν λησμονεί το ποίμνιο του και δραστηριοποιείται για τη συγκέντρωση πόρων προκειμένου να ανακουφιστούν οι εισρέοντες στην Αίγυπτο πρόσφυγες και να απελευθερωθούν οι αιχμάλωτοι από τα σκλαβοπάζαρα.
Η φιλόπατρις δραστηριότητα του Θεόφιλου προκάλεσε την αντίδραση του Μοχάμετ Άλι, ο οποίος ήδη είχε τις υποψίες του λόγω της μακράς απουσίας του Θεόφιλου από το Θρόνο του. Στην πρόσκληση του να επιστρέψει με την υπόσχεση να ξεχαστεί το παρελθόν, ο Θεόφιλος επικαλείται τεχνηέντως λόγους υγείας. Τα περιθώρια όμως προβολής δικαιολογιών στένεψαν επικίνδυνα, όταν στις 10 Αυγούστου 1825 ο Κανάρης πραγματοποίησε τολμηρή επιδρομή εναντίον του σταθμεύοντος στην Αλεξάνδρεια Τουρκοαιγυπτιακού στόλου των 360 μπρικιών και των 2000 κανονιών. Μάρτυς της επιδρομής από τα ανάκτορα του Ρας Ελ Τιν υπήρξε ο ίδιος ο Μοχάμετ Άλι, ο οποίος όχι μόνο διέταξε την καταδίωξη του τολμηρού Ψαριανού, αλλά και απαίτησε, μέσω του κεχαγιά του στην Υψηλή Πύλη, την παύση του Θεόφιλου με την κατηγορία της ανάπτυξης επαναστατικής δραστηριότητας στην Ελλάδα.
Ο Θεόφιλος παύεται στις 14 Οκτωβρίου 1825. Ακόμα όμως και μετά την έλευση του διαδόχου του, Πατριάρχη Ιεροθέου, κλήρος και λαός διατηρούν μαζί του σχέσεις επιστολικές. Επί Ιεροθέου και συγκεκριμένα μετά την πτώση του Μεσολογγίου και το ξερίζωμα του Μωριά, γέμισαν τα αιγυπτιακά σκλαβοπάζαρα με Έλληνες αιχμαλώτους και οι εύπορες οικογένειες, ιδιαίτερα δε αυτές των αυλικών του Μοχάμετ Άλι, είχαν αποκτήσει Έλληνες σκλάβους. Μάλιστα ο νεαρός Ρουμελιώτης Γαλανός, που δόθηκε στον Σαίτ Πασά και πήρε το όνομα Ζουλφικάρ, έγινε Υπουργός και Αυλάρχης. Απόγονος του υπήρξε η πρώτη σύζυγος του βασιλιά Φαρούκ με το ίδιο όνομα. Στο Δέλτα του Νείλου η Μωραλία κατοικήθηκε από απογόνους Μωραϊτών αιχμαλώτων. Στα αρχεία του Πατριαρχείου επιστολές φανερώνουν τον αγώνα που κατέβαλαν τόσο η Αλεξανδρινή Εκκλησία, όσο και οι Έλληνες της Αιγύπτου για την εξαγορά και παλιννόστηση των Ελλήνων δούλων. Η Μονή του Αγίου Σάββα λειτούργησε μέχρι το 1830 ως σταθμός σύντομης παραμονής, πριν από την απόδοση τους στην Ελλάδα, όσων Ελλήνων γλίτωσαν τη δουλεία και τον εξισλαμισμό. Η διαδικασία ήταν χρονοβόρα και οδυνηρή, απαγορευτική όμως για όσες γυναίκες είχαν ήδη εγκλειστεί σε χαρέμια.
Ο Πατριάρχης Θεόφιλος πέθανε στις αρχές του 1833 στη Μονή της Πάτμου. Δεν πρόλαβε να μάθει το χαρμόσυνο νέο του διορισμού του Μιχαήλ Τοσίτσα ως πρώτου Γενικού Προξένου της Ελλάδας στην Αλεξάνδρεια. Σε ατμόσφαιρα φορτισμένη συγκινησιακά έγινε η έπαρση της ελληνικής σημαίας στη ταράτσα της οικίας Τοσίτσα, εκεί όπου δώδεκα χρόνια πριν είχε φθάσει η είδηση του ξεσηκωμού. Πολλοί Έλληνες της Αλεξάνδρειας γονυπετείς έκλαιγαν και ασπάζονταν τη σημαία.
Χωρίς θεωρητικές αγκυλώσεις και αφοριστικές προσεγγίσεις, είναι καιρός να αντιληφθούμε ότι η ιστορική μνήμη, ως η πρώτη ύλη για τη διαμόρφωση της εθνικής μας ιδιοπροσωπίας, δεν αποτελεί έπαθλο, το οποίο, οικειοποιούμενο ή απωλεσθέν, θα αναδείξει τους νικητές ή τους χαμένους στο πεδίο ενός ακήρυχτου ιδεολογικού πολέμου. Αντιθέτως, η ιστορική μνήμη, ως η νοητή αδιάσπαστη γραμμή που συνδέει το παρελθόν με το παρόν και το μέλλον, ως η νοητή ακένωτη δεξαμενή ηθικής και πνευματικής δύναμης, ως η νοητή αβύθιστη κιβωτός που περιλαμβάνει τα βιώματα και τις γνώσεις του παρελθόντος σε όλους τους τομείς, πρέπει να προσεγγιστεί με διάθεση ουσιαστικής σύνθεσης όλων των διαχρονικών όψεων της εθνικής μας ύπαρξης, χωρίς αποκλεισμούς και στερεότυπα, ώστε η ιστορική μας συνέχεια να είναι αφενός μεν αντάξια των ένδοξων στιγμών του παρελθόντος, αφετέρου δε απαλλαγμένη από τα στίγματα των αδυναμιών και των ελαττωμάτων μας.
